МУИС-ийн Эдийн засгийн хүрээлэн 1962 онд тэр үеийн Сайд нарын зөвлөлийн тогтоолоор Шинжлэх ухааны академийн харъяанд байгуулагдаж байсан. Монгол Улсын хөгжлийн зангилаа асуудлыг тодорхойлж, хөгжлийн ерөнхий схемийг гарган хөгжлийн бодлогын шийдвэр гаргалтанд нөлөөлөх хамгийн хүчтэй институци байсан. Тэр үедээ 12 сектортой, 170-аад эрдэмтдийг нэгтгэж байжээ. 1962-1990 оны хооронд байгууллагын бүтэц хэд хэдэн удаа өөрчлөгдөж байгаад зах зээлийн шилжилтийн эхэн үед системийн өөрчлөлттэй тулгарч, Шинжлэх ухааны академи болон МУИС-ийн давхар удирдлага дор үйл ажиллагаа явуулж байгаад Засгийн газрын 1997 оны 31-р тогтоолоор МУИС руу шилжиж ирсэн. Энэ хугацаанд их олон төсөл хэрэгжүүлж, олон тооны бүтээл хэвлэгдсэн байдаг.